Problèmes de contamination : Quels aliments sont sujets à quels agents pathogènes ? Et pourquoi ?

Traduction en français d’un article publié par Campden BRI.

Lorsqu’on demande aux microbiologistes de faire des tests microbiologiques, ils commencent souvent par se poser une question simple : « Que dois-je tester ?

Pourquoi cette question?

Des micro-organismes spécifiques peuvent être associés à des catégories d’aliments et à des origines spécifiques, donc comprendre quels organismes sont présents peut fournir une indication de ce qui conduit à un problème de contamination.

Avec plus de 35 ans d’expérience en tant que microbiologiste alimentaire à Campden BRI, je vais expliquer ici comment l’identification du micro-organisme présent dans des catégories d’aliments spécifiques, grâce à des tests, peut vous aider à comprendre la cause potentielle de la contamination.

Bien sûr, nous savons que les tests ne garantissent pas et ne garantiront jamais la sécurité. La sécurité est gérée par une évaluation correcte des risques et la mise en œuvre du HACCP, mais les tests peuvent apporter un complément utile à cela, aidant à vérifier que ces systèmes fonctionnent bien.

Identifier les problèmes microbiologiques avec les tests : le processus de réflexion d’un microbiologiste

Revenons à la question « Qu’est-ce qu’il faut tester ? »

Bien que basique, cette question générale nécessite une énorme quantité de connaissances, d’expertise et de sagesse pour répondre. Nous devons également considérer pourquoi une série de tests microbiologiques sont effectués. Est-ce pour la surveillance de routine, la détermination de l’hygiène dans la production, la vérification HACCP ou la recherche d’un incident en cours avec un organisme de détérioration ou un agent pathogène ?

Cela nous aide à déterminer ce qu’il faut tester et où tester. Ensuite, nous devons considérer le ou les articles testés. Quel type d’aliment ou d’ingrédient examinons-nous, d’où vient-il, comment a-t-il été produit et comment va-t-il être utilisé ? Cela jouera un rôle majeur pour permettre au microbiologiste de déterminer le risque de présence de certains pathogènes et les bons tests à mettre en place. Lorsque nous envisageons des tests d’agents pathogènes, il est également essentiel de comprendre la législation du pays de production et du pays de vente de tout aliment. Des tests pathogènes sont-ils obligatoires dans le pays de production ou de vente ?

les changements que nous apportons à l’aliment auront probablement un impact sur sa microflore – en changeant ceux qui survivent, ceux qui peuvent se développer et potentiellement changer le risque pour le consommateur.

Se focaliser sur l’organisme

Lorsqu’il s’agit de définir les tests d’agents pathogènes, nous devons nous poser plus de questions :

  • Quels organismes sommes-nous susceptibles de trouver dans certains aliments et ingrédients ?
  • Lequel de ces éléments constituera un risque pour les consommateurs ?
  • Lequel peut survivre dans des conditions particulières ou conserver la capacité de croître ?
  • Lesquelles ont causé des problèmes dans le passé ?

Si nous commençons par examiner divers groupes d’aliments, nous commençons à voir les informations requises dans le processus de prise de décision. Cela dépend d’une bonne connaissance microbiologique, d’une compréhension des aliments, de leurs propriétés et de leurs méthodes de production et d’une bonne part de compréhension historique de ce qui a causé des problèmes ici auparavant.

Nous devons également nous rappeler que la nourriture n’est qu’un environnement écologique pour les bactéries qu’elle contient et qu’elle contient. Ainsi, les changements que nous apportons à l’aliment auront probablement un impact sur sa microflore – en changeant ceux qui survivent, ceux qui peuvent se développer et potentiellement en changeant le risque pour le consommateur.

Viandes

Commençons par les viandes crues. Ceux-ci auront généralement une activité de l’eau élevée (a w ) et peu de facteurs de contrôle qui limiteront la croissance microbienne. Chez un animal intact, le muscle entier sera pratiquement toujours stérile. Les viandes crues sont contaminées pendant le processus d’abattage et de dépeçage, potentiellement à cause du contenu de la peau ou des intestins. Les peaux peuvent être porteuses de divers types de contamination environnementale, à savoir les matières fécales, d’où la raison pour laquelle nos principaux organismes préoccupants incluront des agents pathogènes entériques tels que Salmonella et Escherichia coli pathogènes. Si nous étudions la volaille crue, nous pouvons écarter l’E. coli pathogène en raison du peu de preuves qu’il cause des problèmes dans cet aliment. Mais nous pouvons ajouter dans Campylobacter car il est généralement lié à la viande de volaille dans les cas d’intoxication alimentaire. Un refroidissement correct ralentira ou arrêtera la croissance des agents pathogènes entériques, mais n’éliminera pas ces organismes.Problèmes de contamination : quels aliments sont sujets à quels agents pathogènes ?  Et pourquoi?  - Image 1

Campylobacter est couramment lié à la viande de volaille dans les cas d’intoxication alimentaire.

Bien sûr, la plupart des viandes crues seront cuites avant d’être consommées, et ceci – s’il est effectué correctement avec un processus de cuisson validé – éliminera ces organismes. Cependant, nous devons toujours tenir compte des risques associés à la contamination croisée dans la cuisine de la viande crue aux produits prêts-à-manger (PAM) et aux petites quantités de viande crue qui peuvent être délibérément consommées insuffisamment cuites.

En nous détournant des viandes crues, nous sommes confrontés à des problèmes même avec celles qui sont séchées – bien que des problèmes différents. Les sels de salaison réduiront souvent l’ aw de la viande par la salaison, mais tant qu’elle est supérieure à 0,88, la croissance bactérienne est possible. Une aw inférieure réduira cependant les types d’espèces qui peuvent pousser.

Qu’en est-il des agents pathogènes entériques d’origine fécale ? Nous avons peut-être encore des inquiétudes à leur sujet, mais moins d’inquiétude quant à leur croissance. Cependant, nous pouvons commencer à considérer des organismes plus capables de se développer à des activités de faible niveau d’eau. Les « coupables » classiques incluraient les staphylocoques et Listeria producteurs d’entérotoxines . Alors que les staphylocoques ne pourront pas se développer à des températures réfrigérées, les Listeria continueront de croître lentement même dans des conditions réfrigérées. Si la température est mal contrôlée, certains Staphylocoques vont se développer et peuvent former une toxine pathogène très résistante à la chaleur et non éliminée par la cuisson, elle restera donc active longtemps après la mort de l’organisme.

Les charcuteries PAM offrent un défi différent. S’ils sont bien produits dans un environnement hygiénique, ils devraient avoir été rendus exempts d’agents pathogènes entériques par le processus de cuisson validé utilisé. Cependant, ces articles seront ensuite soumis à une manipulation dans un environnement réfrigéré « à haut risque ». Ces zones peuvent souvent abriter des Listeria qui peuvent prospérer dans des conditions froides et humides et peuvent être particulièrement difficiles à éliminer même des usines de production les plus hygiéniques.

Souvent, les viandes cuites PAM seront emballées dans une atmosphère modifiée à faible teneur en oxygène ou dans des emballages sous vide. Comme dans tout environnement pauvre en oxygène, le danger qui doit être pris en compte est celui posé par les bactéries anaérobies, en particulier Clostridium botulinum ( C. botulinum ) et sa puissante toxine. La croissance de cet organisme doit être contrôlée dans de tels aliments. L’autre espèce de Clostridium à noter dans les viandes cuites est C. perfringens . Ses spores survivront aux processus de cuisson normaux mais peuvent germer et croître pendant le refroidissement, produisant un grand nombre de cellules végétatives qui, si elles sont consommées, provoqueront une intoxication alimentaire. Le refroidissement rapide de ces viandes est essentiel pour empêcher la croissance et contrôler les risques associés à cet organisme.

Poissons et produits de la mer

Les risques microbiologiques associés au poisson dépendront du type de produit et de la façon dont il est produit. Le poisson cru peut être pêché en mer ou élevé, mais après la récolte, le contrôle de la température sera essentiel pour réduire le risque microbien. Même si un poisson doit être entièrement cuit avant consommation, certains types (le poisson scombroïde) peuvent permettre la production d’histamine en raison de la croissance des entérobactéries. Lorsqu’il est consommé, ce composé organique provoquera une intoxication à l’histamine. Pire encore, l’histamine restera après la cuisson, ce qui signifie que le seul contrôle est la prévention de la croissance microbienne après la capture.

Les poissons ont également été associés à une intoxication par la toxine C. botulinum . On suppose que les boues à la base de nombreux plans d’eau peuvent avoir des conditions anaérobies qui expliqueraient l’origine de ce puissant agent pathogène sur les poissons. Le stockage des produits de la pêche contenant cet organisme dans des conditions de faible teneur en oxygène permettrait par la suite la croissance de C. botulinum et la production de sa toxine. Alors, comment peut-il être contrôlé? En bref, un bon contrôle de la température minimisera la capacité de croissance de C. botulinum . Des températures inférieures à 10 °C empêcheront la croissance de C. botulinum protéolytique , tandis que C. botulinum non protéolytiquedevra être soumis à des températures inférieures à 3°C pour empêcher la croissance. Globalement, cet organisme doit être considéré comme un risque dans le poisson (cru ou cuit) qui va être conditionné sous vide ou sous atmosphère modifiée et commercialisé sous conditions réfrigérées.

Listeria est une autre menace qui doit être considérée. Le poisson transformé et les produits du poisson peuvent être contaminés par la Listeria qui provient de la zone de transformation, en particulier si le poisson est destiné à être consommé cru, comme le saumon fumé. Enfin, une autre considération pour les poissons est la contamination par les espèces Vibrio ; dans de tels cas, des tests pour ce groupe peuvent être envisagés.

Les mollusques sont des filtreurs et peuvent contenir tout agent pathogène présent dans l’eau dans laquelle ils se trouvent. Les bactéries entériques et les virus tels que l’hépatite A, E et le norovirus humain doivent être pris en compte. La cuisson peut éliminer ces organismes, mais dans le cas de l’hépatite A, il peut être recommandé que la température de cuisson soit plus élevée que celle que nous utiliserions normalement pour d’autres types d’aliments.

Les produits laitiers

Le lait cru peut être contaminé par une variété d’agents pathogènes humains qui proviendront de l’animal. Salmonella , E. coli pathogènes et Campylobacter ont tous provoqué des épidémies liées au lait cru. Pour les produits à base de lait cru, ces agents pathogènes clés peuvent toujours présenter une menace, mais nous commençons également à penser à Listeria qui est souvent associée aux produits laitiers réfrigérés, et encore à la toxine formant les Staphylocoques dans les produits à plus faible a w .

La pasteurisation correcte du lait et la prévention de la recontamination du lait cru élimineront les pathogènes entériques. Nous nous concentrons donc sur la zone de production et les contaminants environnementaux qui pourraient pénétrer dans le produit pasteurisé en raison d’une mauvaise hygiène. Les produits laitiers fermentés peuvent avoir à la fois un faible pH et parfois réduit un w aidant à contrôler la croissance bactérienne. Pourtant, Listeria peut toujours être un problème réel, survit bien dans les zones de production réfrigérées et capable de se développer à des activités aquatiques plus faibles.

Produire

Les produits couvrent un large éventail d’aliments différents. La laitue, les tomates, les haricots, les pommes de terre, le chou, les carottes, les concombres, les oignons, les fruits, etc. entrent tous dans cette catégorie. Beaucoup seront cultivés dans un environnement extérieur ouvert exposé à tous les habitants naturels des animaux, et certains peuvent entrer en contact avec le sol.

Tout produit cultivé à l’extérieur et susceptible d’entrer en contact avec le sol doit être considéré comme présentant un risque en ce qui concerne les agents pathogènes entériques, principalement Salmonella et E. coli pathogènes . Ceux-ci peuvent provenir du sol, des animaux (tant au sol que des oiseaux) et des eaux d’irrigation. Il y a eu des épidémies d’intoxication alimentaire attribuées à la contamination zoonotique des grandes cultures, soit par contact direct, soit par l’eau d’irrigation contaminée par des matières fécales qui est pulvérisée sur les cultures. Nous ne devons pas non plus négliger la contamination des cultures par les humains – sous la forme de ceux qui entretiennent ou récoltent les cultures – qui peuvent contaminer les produits avec des agents pathogènes viraux tels que le norovirus et l’hépatite A.

Outre les produits directement récoltés et vendus, il existe également des produits qui reçoivent un traitement supplémentaire avant la vente en tant que produit PAM au consommateur final. La production de sachets de salade PAM implique la récolte, puis généralement une certaine forme de lavage pour éliminer les salissures et aura également un effet de réduction microbienne. Les produits peuvent ensuite être coupés/déchiquetés avant l’emballage. Ces activités introduisent des activités de type usine dans un environnement humide réfrigéré et commencent à accroître les inquiétudes concernant la contamination par Listeria .

Les graines germées sont un autre type de produit frais qui peut être envisagé. Les graines telles que la luzerne ou le haricot mungo sont trempées dans de l’eau chaude pendant des périodes de plusieurs heures pour permettre la germination. Bien sûr, ce sont des conditions idéales pour la croissance microbienne et, si les graines hébergent des agents pathogènes tels que Salmonella ou E. coli pathogène , alors des niveaux élevés de croissance pathogène pourraient se produire. Certaines épidémies très importantes ont été attribuées à des graines germées contaminées qui sont consommées crues.

Matériaux secs (faible a w )

Cela couvre une large gamme de matériaux allant des poudres laitières, du chocolat, des produits de collation, des céréales et des beurres de noix aux herbes et aux épices. L’élément clé des organismes dans les environnements secs est qu’ils ne peuvent pas se développer. Cependant, cela signifie également qu’ils seront extrêmement résistants à diverses activités antimicrobiennes, telles que le chauffage, et survivront pendant de très longues périodes. Les organismes qui peuvent être trouvés dans ces matériaux dépendront de la façon dont ils ont été produits et transformés, mais ils sont susceptibles d’être variés. Une évaluation complète des risques de leur méthode de production aidera à déterminer les dangers potentiels.

Si elles ne sont pas traitées, les herbes et les épices contiendront une microflore similaire à celle des produits frais (incluant potentiellement des agents pathogènes entériques). Cela peut être considéré comme acceptable s’ils sont ajoutés aux produits avant l’utilisation d’un processus de cuisson validé, mais totalement inacceptable s’ils sont ajoutés comme garniture à des produits prêts à cuire. Les beurres de chocolat et de noix ont été associés à des épidémies de Salmonella se produisant vraisemblablement par contamination croisée pendant la production. Les poudres laitières ont également été associées à Salmonella et – dans le cas particulier des préparations en poudre pour nourrissons – Cronobacter doit également être considéré comme un problème.

Les spores sont souvent présentes en grand nombre dans les matières sèches ; ils peuvent former un état résistant qui survit au séchage et restera capable de germer même après une longue période. Les spores ne sont pas un problème particulier dans la matière sèche, à moins qu’elles n’aient atteint un nombre élevé avant que le processus de séchage n’ait eu lieu. Dans de tels cas, les formateurs de spores tels que Bacillus cereus peuvent avoir produit une toxine émétique qui :

  • est très résistant à la chaleur,
  • survivra aux processus de chauffage, et
  • peut provoquer une intoxication alimentaire lorsqu’il est consommé

De même, l’utilisation finale des matériaux séchés doit être prise en compte par rapport à la charge en spores. Bien qu’elles soient stables à l’état sec, dès qu’une matière sèche est mouillée, les spores germent et se développent et peuvent causer des problèmes dans les aliments qui les utilisent comme ingrédients.

Plats cuisinés

Les plats cuisinés réfrigérés constituent un marché large et varié. Les dangers microbiologiques dépendent des ingrédients et des méthodes de fabrication – et ces dangers peuvent être définis par une évaluation des risques pour chaque produit. En général, en raison de la nature réfrigérée de la production de ces produits, la Listeria doit être considérée comme un problème potentiel. Souvent, la salmonelle sera également prise en compte ; cependant, les processus de cuisson et la production hygiénique qui empêchent la contamination croisée auront généralement éliminé cet organisme, et les tests seront utilisés comme activité de vérification HACCP.

Dernières pensées

Tenter de définir quels organismes peuvent présenter un risque clair dans les aliments est un passe-temps difficile. Cela dépendra de la façon dont les aliments sont cultivés, récoltés, manipulés, transformés et emballés. Il changera au fur et à mesure de l’ajout d’ingrédients et s’il est présenté aux consommateurs en tant que produit PAM ou prêt à cuire. Cet article n’est pas exhaustif et n’est certainement pas un guide sur ce qu’il faut tester ou considérer comme un risque dans tous les produits alimentaires. Au lieu de cela, il fournit simplement le point de vue d’un microbiologiste alimentaire sur la façon dont une telle question peut être abordée, certains des processus de réflexion qui peuvent être utilisés (basés sur une bonne connaissance de la biologie de l’organisme) et du type de processus utilisés dans la production nourriture. Chaque aliment est différent, chaque usine est différente et chaque évaluation des dangers et des risques est différente.

S’il y a un doute que les dangers corrects ont été identifiés, alors les producteurs doivent contacter un microbiologiste alimentaire expérimenté qui peut les aider dans leur quête continue de produire les aliments les plus sûrs avec le moins de risques.

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